Le “bon état” de la biodiversité ne peut faire l’objet d’une définition précise, en raison de la très grande variabilité du vivant et des écosystèmes, et de la difficulté d’y appliquer une norme. De manière générale, il est cependant reconnu que des écosystèmes en bon état rendent une multitude de services aux sociétés humaines, tout en pouvant résister à une perturbation ponctuelle - par exemple une sécheresse - sans modification durable de leur composition et de leur fonctionnement.

Pour autant, face aux nombreuses pressions qui s’exercent sur la biodiversité (en savoir plus sur l’érosion de la biodiversité), il est indispensable de pouvoir juger de son état. Pour cela, des évaluations sectorielles, c’est-à-dire se basant sur un aspect précis de la biodiversité, sont mises en œuvre dans des cadres divers.

Les évaluations reposent généralement sur des indicateurs, qui sont des outils de mesure prenant en compte plusieurs paramètres. Elles donnent souvent lieu à une note. Ces indicateurs peuvent se baser sur la présence ou l’absence d’espèces dans un milieu, sur l’évolution de surfaces d’habitats, sur l’évolution de la population de certaines espèces dans un milieu donné, etc. Lorsque les séries de données nécessaires à la construction d’un indicateur ne sont pas disponibles, l’évaluation peut s’appuyer sur la connaissance qu’ont les experts travaillant sur la thématique : il s’agit alors d’évaluation “à dire d’expert”. Par ailleurs,  les citoyens peuvent aussi contribuer à l’évaluation de l’état de la biodiversité en en faisant part de leurs observations dans la cadre des nombreux programmes existants de sciences participatives (en savoir plus sur les sciences participatives).

Des jeux d’indicateurs peuvent être mobilisés pour donner une image globale de la biodiversité et de son évolutions  comme le fait  l’observatoire national de la biodiversité (ONB)

Depuis la mise en application de la directive-cadre sur l’eau (DCE) au début des années 2000, une évaluation de la qualité des milieux aquatiques est réalisée tous les ans (en savoir plus sur l’état des eaux). Elle  se base notamment sur un état écologique, qui intègre la mesure de paramètres physico-chimiques (température de l’eau par exemple), biologiques (structure de certains peuplement comme les poissons) et hydromorphologiques (formes et hydrologie du milieu).

L’état écologique est déterminé d’après la mesure de l’écart à une situation de référence, qui correspond à l’état supposé du milieu en l’absence de toute perturbation provoquée par les activités humaines. Plus l’écart avec la situation de référence est grand, plus le milieu évalué est jugé dégradé.

Un ou plusieurs indicateurs biologiques sont utilisés dans l’évaluation de l’état écologique. Ils permettent de comparer la composition de la communauté du milieu par rapport à ce qu’elle serait en situation de référence, et de mesurer ainsi l’impact des perturbations sur la biodiversité du milieu. Les communautés évaluées sont celles des espèces aquatiques : poissons, mollusques et crustacés, plantes aquatiques, algues microscopiques, etc.

L’évaluation de l’état écologique des milieux aquatiques de France et d’Outre-mer est réalisée pour les cours d’eau, pour les plans d’eau (lacs, étangs, grandes retenues), pour les eaux dites de transition (estuaires, deltas, lagunes méditerranéennes) et pour les eaux côtières.
Les indicateurs utilisés sont adaptés à chacun de ces contextes.

Les espèces et habitats d’intérêt communautaire, c’est-à-dire les espèces et habitats naturels considérés comme étant les plus vulnérables, menacés, rares ou endémiques dans l’Union européenne, font l’objet d’évaluations régulières de leur état de conservation.
Cette démarche s’inscrit dans la mise en œuvre des directives dites “nature” (la directive “habitats-faune-flore” 92/43/EEC et la directive “oiseaux” 2009/147/EEC). Effectuée à l’échelle des régions biogéographiques européennes, l’évaluation de l’état de conservation concerne 44 espèces et 15 habitats aquatiques.

Au sens des directives “nature”, un habitat naturel est une zone aquatique ou terrestre avec des caractéristiques définies : géologie, climat, végétation, etc. L’évaluation de son état de conservation repose sur plusieurs paramètres : son aire de répartition naturelle, la surface qu’il occupe, sa structure et ses fonctions spécifiques, ainsi que les perspectives qui lui sont associées. Les tendances sont aussi prises en compte, sur la base des menaces prévisibles et évaluables. En fonction de ces paramètres, l’état de conservation d’un habitat peut être favorable, défavorable inadéquat (en mauvais état sans être en danger de disparition) ou défavorable mauvais (en danger de disparition). En l’absence de connaissances suffisantes, il est déclaré inconnu.

L’évaluation de l’état de conservation d’une espèce repose également sur plusieurs paramètres : son aire de répartition naturelle, l’état de sa population, l’état de son habitat et les perspectives qui lui sont associées. Les tendances sont aussi prises en compte, sur la base des menaces prévisibles et évaluables, et les classes d’état de conservation sont les mêmes que celles d’un habitat.

Les espèces font l’objet d’une évaluation spécifique concernant leur risque d’extinction. Cette évaluation est réalisée par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) sur la base de plusieurs critères, comme le nombre d’individus capables de se reproduire, le nombre de populations de l’espèce et leur isolement les unes par rapport aux autres, etc. Un risque est alors attribué à chaque espèce, depuis une “préoccupation mineure” jusqu’à un “danger critique” d’extinction. Des déclinaisons locales de ces listes rouges peuvent exister, par exemple à l’échelle d’une région.

Le Comité français de l’UICN adapte ces listes à la situation nationale. Révisées régulièrement, elles informent ainsi sur l’état biologique des espèces aquatiques. Par exemple, en 2010, parmi les 69 espèces de poissons d’eau douce de France métropolitaine évaluées, 15 sont menacées d’extinction. Sur le même périmètre, en 2012, 161 des 576 espèces de crustacés d’eau douce sont également menacées d’extinction.

Toutes les estimations de l’état de la biodiversité convergent sur le diagnostic global que le tissu vivant de la planète est en voie de dislocation : il est  en particulier sujet à une disparition  rapide de sa diversité, et le rythme de cette disparition est en accélération. Cette dégradation affecte la diversité des espèces : à l’échelle mondiale, 28% des 91 523 espèces étudiées par l’UICN sont menacées d’extinction (d’après MTES, 2018). Elle affecte aussi l’état des milieux naturels puisque plus de la moitié d’entre-eux ont été dégradés au cours des 50 dernières années.

Les causes de cette dislocation du vivant sont multiples, et incluent principalement la destruction et la fragmentation des milieux naturels, la surexploitation des ressources naturelles comme des espèces sauvages, les pollutions de l’eau, des sols, de l’air, et lumineuse, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes et, de plus en plus, le changement climatique (en savoir plus sur les causes de l’érosion de la biodiversité).

LA BIODIVERSITÉ DES MILIEUX AQUATIQUES

L'état de la biodiversité aquatique
Une biodiversité aquatique menacée
Préserver et restaurer la biodiversité aquatique
La continuité écologique