L’adoption de bonnes pratiques contribue à limiter le rejet dans les milieux de nutriments et de substances polluantes. A titre d’exemple, les plaisanciers naviguant dans les lagunes doivent s’abstenir de rejeter leurs eaux de toilette chargées en azote et en phosphore, pour ne pas favoriser le phénomène de malaïgue (mortalité importante des animaux et végétaux suite à un développement excessif d’algues).

Les prélèvements d’espèces animales ou végétales par les chasseurs, pêcheurs et cueilleurs sont susceptibles de nuire aux populations d’espèces sauvages en réduisant leur abondance ou perturbant leur reproduction. Ces prélèvements doivent donc s’effectuer dans le respect de la réglementation visant à protéger les espèces.

Enfin, tous les usagers doivent veiller à limiter leur impact sur la morphologie du milieu. Dans les estuaires utilisés pour la navigation, cela concerne par exemple l’utilisation des techniques de dragage (retrait régulier des sédiments) les moins impactantes pour le milieu.

Plus largement, tous les acteurs du bassin versant - les particuliers comme les professionnels - peuvent contribuer au bon état des estuaires, lagunes et deltas. La mise en place d’une gestion durable et cohérente de l’eau et des milieux aquatiques sur ce territoire implique de coordonner l’ensemble des acteurs pour limiter l’impact des activités humaines.

Cette démarche s’appuie d’abord sur un diagnostic de l’état des ressources en eau et des milieux aquatiques, afin d’identifier les impacts qu’ils subissent et fixer des objectifs de qualité à chacun. Les actions prioritaires pour atteindre ces objectifs sont identifiées : elles permettent d’élaborer des programmes de mesures, à mettre en œuvre sur le bassin versant.

En France, cette démarche est réalisée dans le cadre des plans de gestion : les SDAGE (schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux) sur les bassins versants des grands fleuves, et les SAGE (schémas d’aménagement et de gestion des eaux) sur de plus petits bassins versants (en savoir plus sur la gestion intégrée de l’eau).

Les informations et les actualités de la communauté des acteurs de la gestion intégrée de l’eau sont accessibles sur le site Gest’eau.
Consultez les informations disponibles sur plus de 180 SAGE.

En complément de cette gestion intégrée à l’échelle du bassin versant, la réglementation édicte des règles visant à protéger les eaux de transition lorsque les bonnes pratiques ne suffisent pas. Une partie de ces règles provient de conventions internationales et de directives européennes, dont la plus importante - la directive-cadre sur l’eau - fixe un objectif et un calendrier d’atteinte de bon état des milieux aquatiques. Plusieurs lois françaises et leurs textes d’application y contribuent également : lois sur l’eau (1964, 1992 et 2006), loi sur la pêche (1984), lois issues du Grenelle de l’environnement, etc. Les estuaires et deltas, ainsi que les lagunes dépassant 1000 hectares de surface, sont par ailleurs concernés par les dispositions de la loi Littoral. Les différentes règles sont consignées dans plusieurs codes juridiques, notamment le Code de l’environnement.

Cette réglementation a de nombreux objectifs, parmi lesquels :

• limiter le processus d’eutrophisation des milieux ;
• réduire la contamination des milieux par des produits toxiques ;
• protéger les espèces et la continuité écologique ;
• encadrer l’urbanisation des rives.

Le respect de cette réglementation est contrôlé par les agents de la « police de l'eau » : certains instruisent les demandes d’autorisation et de déclaration et exercent des contrôles administratifs (ils vérifient le respect des prescriptions administratives sur le terrain), et d’autres (parfois les mêmes) mènent des enquêtes de police judiciaire (ils constatent sur le terrain des infractions et en recherchent les auteurs). La police de l'eau est assurée par les services déconcentrés de l'État, en collaboration avec les agents de l'OFB (Office français de la biodiversité), de l'ONCFS (Office national de la chasse et de la faune sauvage) et de la gendarmerie nationale (en savoir plus sur la réglementation).

La généralisation de bonnes pratiques, la mise en place d’une gestion intégrée et l’application de la réglementation ne suffisent pas toujours à préserver le bon état des milieux de transition. Il est alors nécessaire de mettre en œuvre d’autres actions.

En cas de pollution soudaine - par déversement d’hydrocarbures par exemple - l’intervention rapide des SDIS (services départementaux d’incendies et de secours) peut permettre de confiner la pollution grâce à la pose de barrages flottants. La récupération et le traitement des produits polluants sont réalisés dans un second temps par des sociétés spécialisées.

La pollution (nutriments et polluants) provenant de l’ensemble du bassin versant est plus longue à résoudre. Cela implique de réduire les apports de substances, ce que permettent progressivement la mise en œuvre des plans de gestion et les évolutions de la réglementation. Mais certaines substances se dégradent peu et provoquent une pollution durable : même si les apports sont supprimés, elles persistent dans le milieu, particulièrement dans les sédiments fins abondants dans les milieux de transition. Des solutions drastiques sont alors nécessaires, comme le retrait des sédiments contaminés.

Les milieux dont la morphologie a été dégradée peuvent nécessiter des travaux de restauration écologique. L’objectif est de leur restituer des caractéristiques physiques naturelles, afin de permettre le rétablissement d’un fonctionnement normal et le retour d’habitats naturels, indispensables au bon état écologique. Ces techniques sont cependant difficiles à mettre en œuvre dans les milieux de transition, de part leur taille importante et leurs nombreuses spécificités (variations de salinité, etc.). Certaines techniques peuvent tout de même être employées, telle que la suppression de digues dans un estuaire pour que les habitats naturels qui le composent retrouvent une dynamique naturelle de submersion au rythme des marées.