Les canaux artificiels utilisés pour le transport fluvial nécessitent des apports d’eau permanents. De l’eau est ainsi prélevée dans les cours d’eau pour alimenter les canaux.

L’alimentation des canaux bénéficie de 17,4 % de l’eau prélevée dans les milieux (d’après SDES , 2023). Ces volumes sont du même ordre que ceux prélevés pour l’alimentation en eau potable (18,7 %)  à la différence qu’ils proviennent exclusivement des eaux de surface.

La banque nationale des prélèvements quantitatifs en eau (BNPE) recense les informations sur les prélèvements sur la ressource en eau en France métropolitaine et dans les départements d’outre-mer.

La répartition de ces prélèvements n’est pas homogène sur le territoire, puisqu’ils se concentrent aux endroits où le réseau de canaux artificiels est le plus dense : le quart nord-est (deux tiers des volumes) et le sud-est (un tiers des volumes) de la France.

Les équipages des navires et des péniches de transport utilisent aussi de l’eau potable pour leur usage domestique. Des réserves d’eau potable sont ainsi embarquées, et remplies régulièrement à quai.

Les volumes prélevés sont intégralement injectés dans les canaux, et rejoignent les milieux aquatiques après leur écoulement. La part consommée par cet usage est donc nulle globalement. Cependant, lorsque le canal alimenté s’écoule dans un bassin versant différent de celui du point de prélèvement d’eau, les bilans hydrologiques des deux bassins sont modifiés.

La présence d’un équipage (qui consomme de l’eau potable) à bord conduit à la production d’eaux usées, de deux types : les eaux noires - eaux des toilettes - et les eaux grises, constituées des eaux de lavage (vaisselle, entretien du bateau, etc.). Ces eaux usées sont collectées sur le bateau pour être traitées par un dispositif d’épuration s’il en est équipé, ou être évacuées puis transportées vers une station de traitement à terre.

Les rejets de substances par les activités de transport de marchandises sont souvent des cas accidentels, comme les fuites de carburant. Des rejets de déchets peuvent aussi intervenir en cas de casse de matériel, ou lorsque des objets laissés sans surveillance sont emportés par le vent. Enfin, des rejets volontaires peuvent exister, comme les dégazages illégaux.

Le transport fluvial implique la modification de la morphologie des fleuves et des rivières appartenant aux voies navigables, de manière à garantir la sécurité de la navigation et la rendre indépendante des aléas naturels comme les étiages et les crues.
Généralement, les berges et le lit sont canalisés. La construction d’écluses sur le réseau de voies navigables permet par ailleurs de maintenir une ligne d’eau régulière et constante le long du réseau. Ces aménagements, tout comme la construction de canaux artificiels, entraînent une artificialisation des écosystèmes aquatiques, dont le fonctionnement devient semblable à celui de cours d’eau dont l’écoulement est très lent (en savoir plus sur l’artificialisation des milieux).

Le transport maritime génère aussi la modification des milieux.
Du fait de leur fort tirant d’eau - la hauteur de la partie immergée de la coque - les navires maritimes nécessitent le maintien d’un chenal de navigation profond dans les baies et les estuaires. Des dragages sont donc réalisés pour retirer les sédiments d’une partie du lit et maintenir une profondeur suffisante.

La construction des ports maritimes contribue par ailleurs fortement à l’artificialisation des milieux côtiers et estuariens par la création de quais et de voies d’accès sécurisées.