L’action de pêche n’implique aucun prélèvement d’eau, mais des prélèvements de poissons, de crustacés et de coquillages. Les espèces pêchées diffèrent entre les fleuves, les estuaires et les eaux côtières.
Les quantités prélevées dans les milieux varient pour chaque espèce en fonction de nombreux paramètres : nombre de pêcheurs visant l’espèce, réglementation en vigueur, techniques de pêche utilisées, etc. L’action de pêche vise à capturer les plus gros individus, c’est donc cette partie des populations de poissons et d’invertébrés qui est prélevée en priorité.

La majeure partie des eaux usées provient de la navigation de plaisance. Les plaisanciers ont les mêmes besoins en eau potable que les habitants d’un foyer : toilette, alimentation, vaisselle, etc. Les bateaux dont les voyages dépassent quelques heures sont donc équipés de réservoirs d’eau potable et d’équipements sanitaires, dont le remplissage s’effectue à quai. Mais la présence de personnes à bord conduit à la production d’eaux usées, de deux types : les eaux noires - eaux des toilettes - et les eaux grises, constituées des eaux de lavage (vaisselle, entretien du bateau, etc.). À distance suffisante du rivage, les rejets d’eaux noires des bateaux de plaisance représentent un apport de matière organique négligeable pour le milieu. Ce n’est pas le cas lorsque ces rejets ont lieu dans des ports ou des zones d’amarrage, où se concentre un grand nombre de bateaux. Les eaux grises contiennent quant à elles des substances détergentes, par exemple du liquide vaisselle ou des produits d’entretien.

Les rejets de substances par les activités de loisirs motorisées sont souvent des cas accidentels, comme les fuites de carburant. Des rejets de déchets peuvent aussi intervenir en cas de casse de matériel par exemple, ou lorsque des objets laissés sans surveillance sont emportés par le vent. Il peut aussi s’agir d’abandons délibérés sur les plages ou les rives des milieux aquatiques.