Au contraire des eaux de transition - au sein desquels l’eau douce se mélange à l’eau salée, les eaux côtières sont des écosystèmes systématiquement salés. Les apports d’eau douce du continent peuvent toutefois provoquer des différences de salinité d’une eau côtière à l’autre.

Au niveau de la côte, elles se situent dans la zone de balancement des marées pour l’Atlantique, la Manche et la Mer du Nord. En Méditerranée et certaines zones où l’influence de la marée est inférieure à 1 m, elles sont définies par la ligne de base droite. Vers le large, leur limite est plus difficile à positionner puisque le passage de l’écosystème côtier à l’écosystème marin est hétérogène car il dépend principalement des fonds marins (de la bathymétrie et de la nature des fonds) et de la courantologie, elle-même relativement variable dans le temps pour un même lieu géographique.

Afin de disposer néanmoins d’une frontière identifiée, celle-ci est positionnée sur une ligne située à une distance d’un mille marin (1,852 km) au-delà de la ligne de base (droite ou normale), la ligne de base étant la limite à partir de laquelle s’étend la mer territoriale jusqu’à 12 milles marins de cette même ligne de base. La ligne de base normale correspond à la laisse de basse mer, « telle qu'elle est indiquée sur les cartes marines à grande échelle reconnues officiellement par l'État côtier » (c'est à dire les cartes du SHOM pour la France). Dans certains cas, (côtes profondément découpées ou bordées d'îlots, deltas, baies suffisamment profondes) des lignes de base droites, ne s'écartant pas de la direction générale de la côte, peuvent simplifier la limite de la mer territoriale (avec comme conséquence d'augmenter la surface des eaux intérieures de l'État côtier). Les eaux comprises entre la ligne de base normale (laisse de basse mer) et la ligne de base correspondent aux eaux intérieures. Les eaux intérieures et la mer territoriale constituent les eaux sous souveraineté française, par opposition aux eaux du large qui constituent les eaux sous juridiction française

Dans le cycle de l’eau, les océans constituent le réceptacle final : suite aux précipitations, l’eau s’écoule dans les cours d’eau, traverse les continents et atteint les fleuves ou les estuaires pour se jeter dans la mer. Dernière étape avant les eaux marines, les eaux côtières reçoivent donc l’eau captée dans les bassins versants des fleuves (en savoir plus sur le bassin versant).

Pour cette raison, ce ne sont pas des écosystèmes strictement marins. Les eaux côtières sont en réalité fortement liées aux bassins versants par l’intermédiaire des fleuves. Les eaux douces apportées par ces derniers se mélangent à l’eau marine sous l’influence du vent, des marées et des courants côtiers.

De par sa position en Europe et grâce à ses départements et collectivités d’outre-mer, la France possède un linéaire important de côtes. Il n’existe pas de mesure « officielle » de cette longueur, qui peut varier fortement selon les méthodes de mesure et les territoires inclus (notamment les îles). Toutefois, le littoral français comprend au moins 18 000 kilomètres de côtes (d’après SHOM).

En métropole, les eaux côtières se répartissent sur  près de 5 853 kilomètres, le long de trois grandes façades maritimes :

• la Manche et la mer du Nord
• le golfe de Gascogne et la mer celtique
• la mer Méditerranée

Dans les Outre-mer, l’ensemble des territoires représente environ 12 600 kilomètres. Le linéaire côtier des cinq départements et régions d’Outre-mer totalise 1 647 kilomètres : 608 km en Guyane française, 405 km en Guadeloupe, 293 km en Martinique, 206 km à La Réunion et 13 km à Mayotte.

Sous l’influence de nombreux paramètres (force des vagues et des courants par exemple), les eaux côtières françaises présentent une extraordinaire diversité : nature de la côte, amplitude des marées, salinité, température, etc.

Le littoral français représente un patrimoine naturel et culturel inestimable, à la fois fragile et qui représente en même temps un véritable atout pour le tourisme et la qualité de vie.