La baisse des niveaux associée au manque d’eau peut rendre certains obstacles infranchissables, supprimer des connexions entre plusieurs parties d’un cours d’eau ou restreindre l’accès aux milieux annexes. Cette fragmentation des milieux peut empêcher la mobilité des espèces comme les poissons ou les amphibiens, en particulier jusqu’à leur lieu de frayère. Le stade le plus sévère de l’étiage est l’assèchement complet d’une partie du linéaire de la rivière, provoquant directement la mort de toutes les espèces peu mobiles et incapables de survivre au manque d’eau. La biodiversité est ainsi directement impactée par les assèchements sévères.

La baisse des niveaux d’eau a des conséquences sur les prélèvements d’eau dans les milieux ou dans les nappes : si le niveau d’eau devient trop bas pour permettre aux ouvrages de prélèvement de fonctionner, il est impossible de prélever l’eau. Certains usages peuvent alors être compromis : la production d’eau potable, le refroidissement des centrales nucléaires, la navigation fluviale, etc. Pour éviter cette situation extrême, des restrictions des prélèvements non prioritaires peuvent être mises en œuvre (en savoir plus sur la gestion des prélèvements).

Le site Onde présente les données d’étiage des cours d’eau sur l’ensemble de la métropole. Accédez aux observations visuelles réalisées par les agents départementaux de l'OFB pendant la période estivale sur l’écoulement des cours d’eau.

La diminution du débit favorise l’augmentation de la température de l’eau, avec des conséquences directes sur la qualité physico-chimique de l’eau. Par exemple, la quantité d’oxygène dissous dans l’eau diminue lorsque sa température augmente. En outre, dans la mesure où les rejets dans les milieux interviennent toute l’année, indépendamment d’épisodes de sécheresse, la baisse des débits conduit souvent à une moindre dilution et une évacuation plus limitée des substances rejetées, augmentant ainsi leur concentration dans certaines portions de cours d’eau, et entraînant une altération de la qualité de l’eau.

La biodiversité est directement impactée par cette dégradation de la qualité de l’eau : diminution de l’activité des poissons suite à l’élévation de la température, développement plus important d’algues microscopiques, épisodes d’asphyxie, etc. Les étiages peuvent avoir pour conséquence de modifier la végétation dans les milieux aquatiques : la baisse des niveaux peut conduire au développement rapide de certaines espèces, alors que d’autres espèces peuvent disparaître de manière plus ou moins prolongée. Le réchauffement de l’eau accentue le risque d’eutrophisation (en savoir plus sur l’eutrophisation).

Ces phénomènes associés à la sécheresse peuvent aussi avoir des impacts sanitaires. Les proliférations d’algues sont susceptibles de conduire à des rejets de gaz toxiques, rendant dangereuse la pratique de la baignade ou d’activités au contact de l’eau telle que la pêche. La dégradation de la qualité de l’eau implique des surcoûts de traitement pour sa potabilisation, et peut même conduire à une eau impropre à la consommation.

De manière générale, la dégradation de la qualité de l’eau impacte tous les usages de l’eau et des milieux aquatiques, en particulier ceux qui se déroulent dans le milieu, comme par exemple la pisciculture d’étang.