Si la variabilité des caractéristiques chimiques et écologiques des milieux humides est en partie naturelle (en savoir plus sur le fonctionnement naturel des milieux humides), elle peut être fortement accentuée par les activités humaines. Aux abords de ces milieux ou dans le bassin versant, ces activités sont susceptibles d’impacter leur état (en savoir plus sur les usages de l’eau et des milieux aquatiques).

Toutefois, du fait de la diversité des milieux humides, il est difficile de mettre en place une surveillance de ces impacts qui soit homogène en termes de méthode. Les évaluations existantes ne portent que sur un échantillon de milieux humides naturels - environ 150 en métropole et dans les territoires ultramarins - sélectionnés pour leur représentativité. Il couvrent parfois de très grandes zones, comme la Camargue.  Les critères permettant d’évaluer l’état des milieux humides sont renseignés par les propriétaires, gestionnaires ou usagers de ces milieux, estimés “personnes qualifiées” pour répondre aux enquêtes menées.

La première démarche d’évaluation de ces milieux, menée en 1994 dans le cadre de l’Observatoire national des zones humides, a mis en évidence une tendance globale à la dégradation de leur état (réduction de la superficie par exemple) et à leur disparition : la moitié de la surface des zones humides du territoire métropolitain avait disparue entre 1960 et 1990. Depuis, cette évaluation est reconduite tous les 10 ans, et les résultats sont similaires.

Par ailleurs, certains milieux humides font l’objet d’une évaluation de leur état selon des modalités fixées notamment par la directive-cadre sur l’eau (DCE) lorsqu’il s’agit :

• de rivières et de fleuves ;
• de plans d’eau de grande taille ;
• d‘estuaires, de deltas et de lagunes ;
• d’eaux côtières.

Zones humides est un site d'information sur les marais, tourbières, prairies humides, lagunes, mangroves… entre terre et eau.
Il dresse un panorama des fonctions, des menaces et de la réglementation qui s’y applique. Il apporte également des informations sur les outils et structures compétentes pour mener des actions de préservation et de restauration.

Les résultats de la dernière enquête (menée en 2011) montrent que 52% des milieux humides du territoire se sont dégradés entre 2000 et 2010. Cette dégradation signifie une diminution de la superficie totale des milieux humides concernées, et la disparition de certains types d’habitats au sein de ces milieux.

Les données d’état des milieux humides sont en partie accessibles sur le site du service de la donnée et des études statistiques (SDES) du ministère en charge de l’écologie.
Accédez au site du SDES.

En parallèle de l’évaluation menée par l’Observatoire national des zones humides, deux directives dites « nature » (la directive « habitats-faune-flore » 92/43/EEC et la directive « oiseaux » 2009/147/EEC) conduisent à évaluer l’état de conservation des espèces et habitats d’intérêt communautaire, c’est-à-dire les espèces et habitats considérés comme étant les plus vulnérables, menacés, rares ou endémiques, de l’Union européenne. Effectué à une échelle beaucoup plus large que celle d’un milieu humide - celle de la région biogéographique - cette évaluation concerne des espèces et des habitats aquatiques.
Sur la période 2007-2012, en France, l’évaluation a ainsi porté sur 15 habitats et 44 espèces aquatiques.

L’évaluation de l’état de conservation d’un habitat repose sur plusieurs paramètres : son aire de répartition naturelle, la surface qu’il occupe, sa structure et ses fonctions spécifiques, ainsi que les perspectives qui lui sont associées. Les tendances sont aussi prises en compte, sur la base des menaces prévisibles et évaluables. En fonction de ces paramètres, l’état de conservation d’un habitat peut être favorable, défavorable inadéquat (en mauvais état sans être en danger d’extinction) ou défavorable mauvais (en danger d’extinction). En l’absence de connaissances suffisantes, il est déclaré inconnu.

L’évaluation de l’état de conservation d’une espèce repose également sur plusieurs paramètres : son aire de répartition naturelle, l’état de sa population, l’état de son habitat et les perspectives qui lui sont associées. Les tendances sont aussi prises en compte, sur la base des menaces prévisibles et évaluables, et les classes d’état de conservation sont les mêmes que celles d’un habitat.

Les données d’inventaire d’espèces (dont les espèces aquatiques) sont accessibles sur le site de l’INPN.
Consultez les données de plus de 178 000 espèces et 20 000 habitats.

Des listes rouges pour les espèces en risque d'extinction

Les espèces font  l’objet d’une évaluation spécifique concernant leur risque d’extinction. Cette évaluation est réalisée par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) sur la base de plusieurs critères, comme le nombre d’individus capables de se reproduire, le nombre de populations de l’espèce et leur isolement les unes par rapport aux autres, etc. Un risque est alors attribué à chaque espèce, depuis une « préoccupation mineure » jusqu’à un « danger critique » d’extinction.

Le Comité français de l’UICN adapte ces listes à la situation nationale. Révisées régulièrement, ces listes informent ainsi sur l’état biologique des espèces aquatiques. Par exemple, en 2010, parmi les 69 espèces de poissons d’eau douce de France métropolitaine évaluées, 15 sont menacées d’extinction (d’après UICN France). Sur le même périmètre, en 2012, 161 des 576 espèces de crustacés d’eau douce sont menacées d’extinction (d’après UICN France).

La mauvaise qualité d’un milieu humide nuit à la vie de la biodiversité qui s’y déploie et peut même provoquer la disparition des espèces les plus sensibles. Dans ce cas, seules les espèces les plus résistantes survivent dans un milieu de mauvaise qualité, qui devient alors pauvre en diversité. Lorsque des zones humides sont détruites - par l’assèchement ou l’urbanisation par exemple, c’est toute la biodiversité associée qui disparaît localement.

La dégradation des milieux humides peut indirectement contribuer à accentuer certains risques naturels, en particulier le phénomène d’érosion, les inondations ou les sécheresses. Les milieux humides jouant un rôle de régulation hydrologique dans le bassin versant, leur diminution ou leur mauvais fonctionnement - par exemple suite à des aménagements - réduit ce rôle.

La dégradation de ces milieux peut aussi accentuer le mauvais état des autres milieux aquatiques. Le rôle d’épuration naturelle de l’eau joué par les milieux humides dépend de leur fonctionnement naturel. Lorsqu’ils sont dégradés, cette capacité naturelle peut disparaître, contribuant à l’échelle du bassin à une moins bonne qualité de l’eau.

Heureusement, des solutions existent pour protéger et améliorer l’état des milieux humides (en savoir plus sur la protection des milieux humides).