Les activités humaines sont liées aux milieux aquatiques, qu’il s’agisse de rivières, de lacs, de milieux humides ou d’autres écosystèmes. L’eau y est prélevée pour de nombreux usages, avant d’être rejetée en partie dans la nature. Certains usages dépendent du milieu tout entier : pêche professionnelle, transport fluvial et maritime, activités de loisirs, etc.

La protection des eaux souterraines dépend en premier lieu du bon entretien des forages, susceptibles de provoquer des contaminations directes, et de la bonne gestion des prélèvements d’eau qui sont effectués par leur intermédiaire. Mais tous les acteurs du bassin versant sont concernés et doivent s’impliquer dans une gestion globale des ressources en eau. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation des eaux souterraines.

Une eau souterraine exempte de substances toxiques est considérée en bon état chimique. L’évaluation de cet état est réalisée grâce à la surveillance régulière de près de 1 500 paramètres sur un large réseau de stations.

L’observation de la profondeur des nappes permet d'en estimer le niveau de remplissage. Cette surveillance, réalisée à l’aide de dispositifs spécifiques - les piézomètres - déployés par milliers sur le territoire, permet de mieux comprendre le fonctionnement des nappes et apporte les éléments de connaissance nécessaires à la gestion des risques d'inondation ou de sécheresse.

Les roches qui abritent de l’eau sont dites aquifères. L’eau y forme des nappes qui s’écoulent lentement, parcourant parfois de longues distances, sous la surface. Les nappes interagissent avec les milieux aquatiques, qu’elles alimentent en eau douce. Le processus inverse s’observe en hiver lors de la période de recharge.

Les eaux souterraines sont constituées des réserves d’eau stockées dans les roches poreuses et perméables du sous-sol. Loin d’être isolées du cycle de l’eau, elles communiquent avec les milieux aquatiques de surface. Présentes sur l’ensemble du territoire français elles sont néanmoins très hétérogènes, de par la nature des roches du sous-sol.

Le bon état des milieux humides est du ressort de tous les acteurs du bassin versant, qui doivent s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation des milieux, sous réserve qu’ils soient correctement identifiés. Malgré cela, le recours à des actions de restauration est parfois nécessaire.

L’évaluation de l’état des zones humides est rendue complexe par la diversité des milieux concernés, ainsi que l’absence d’inventaire exhaustif. Une évaluation de leur état de conservation est réalisée généralement tous les 10 ans, sur un échantillon seulement. Mais leur détérioration menace globalement les bénéfices qu’ils apportent.

Malgré des modalités de fonctionnement très différentes, les milieux humides ont le point commun d’agir comme des zones “tampon” dans le bassin versant. Leur diversité de taille, de forme et de fonctionnement en font des écosystèmes d’une grande richesse en habitats naturels, permettant d’accueillir une biodiversité abondante.

Les milieux humides sont d’une très grande diversité : il est difficile de les définir de manière uniforme. Liés aux autres milieux aquatiques au sein du cycle de l’eau, les milieux humides sont présents sur l’ensemble du territoire, en métropole et dans les territoires ultramarins, mais sont globalement en forte régression.