Avec le développement des méthodes et connaissances scientifiques et techniques, la notion de qualité des eaux s’est progressivement transformée en qualité des milieux aquatiques, en considérant également l’ensemble des espèces animales et végétales qui vivent dans l’eau ainsi que leurs habitats. Ainsi, l’état des eaux de surface (rivières, lacs, eaux littorales) est désormais évalué en prenant en compte : • l’état écologique des écosystèmes aquatiques associés, apprécié à partir d’éléments de qualité biologique (faune et flore), d’éléments de qualité hydromorphologique (morphologie et dynamique des rivières) et d’éléments de qualité physico-chimique (température, pH, etc.) ; • l’état chimique de l’eau, apprécié à partir de mesures de concentrations de familles de substances : pesticides, métaux, HAP, etc.

Ainsi en 2016, 44,2% des masses d’eau de surface sont évaluées en bon ou très bon état écologique, et 62,9% d’entre elles sont en bon état chimique.

Le dernier bulletin eaufrance présente l’état des eaux de surface et des eaux souterraines de l’ensemble du territoire d’après les données rapportées en 2016 à la Commission européenne.