Les espèces introduites en dehors de leur aire de répartition deviennent parfois envahissantes. Elles peuvent alors avoir des conséquences sur la biodiversité aquatique et le fonctionnement des milieux, et nuire à la santé, à la sécurité ou aux différents usages. Difficiles à éradiquer lorsqu’elles sont implantées, leur lutte passe surtout par la prévention de leur introduction et la mise en place de systèmes de détection précoce.

Professionnelles comme de loisirs, les activités de pêche et de chasse impliquent des prélèvements d’espèces dans le milieu naturel, auxquels s’ajoutent des captures involontaires et accidentelles. Ces prélèvements peuvent conduire à une surexploitation des espèces, comme dans le cas de la surpêche, et même aller jusqu’à entraîner la disparition de certaines d’entre elles.

La réduction de la pollution des eaux passe essentiellement par l’application de bonnes pratiques par les usagers de l’eau et des milieux aquatiques sur tout le bassin versant. Les objectifs sont multiples : privilégier les activités les moins polluantes, améliorer les usages pour diminuer la quantité de substances utilisées ou rejetées, mais aussi intercepter les flux de polluants dans le bassin versant.

Les conséquences de la pollution des milieux aquatiques sont multiples. Elles conduisent à des mortalités massives d’espèces , mais elles ont aussi des effets moins visibles : une eutrophisation des milieux, des effets toxiques à plus ou moins long terme, des maladies ou des perturbations endocriniennes.

La pollution des milieux est provoquée par une grande variété de substances, rejetées directement dans l’eau ou dans tout le bassin versant. Il peut s'agir d'éléments nutritifs, de matières organiques, de micropolluants, de métaux, de micro-organismes, de déchets ou encore de rejets physico-chimiques.

Les activités humaines peuvent conduire à l’introduction de nombreuses substances polluantes dans l’eau et les milieux aquatiques, soit par rejet direct dans l’eau dans le cas des pollutions ponctuelles, soit par une pollution diffuse de tout le bassin versant. En conséquence, la qualité de l’eau et des milieux aquatiques se dégrade.

Les économies d’eau permettent à chacun de contribuer à réduire l’impact des prélèvements d’eau sur la ressource. Une réglementation spécifique comprenant un système de déclaration et de demande d’autorisation, permet de les encadrer. Elle fournit aussi des outils pour mettre en œuvre une gestion quantitative équilibrée, et prévoit un dispositif spécifique en cas de crise.

Les prélèvements d’eau sont susceptibles d’accentuer le manque d’eau, notamment pendant les périodes où l’eau est naturellement plus rare, en abaissant encore le niveau des rivières ou des nappes. Les forages dans les eaux souterraines peuvent aussi provoquer une dégradation de leur qualité, par intrusion saline ou par contamination chimique.

Différents usages impliquent des prélèvements d’eau dans les milieux. Au delà d’un certain volume, et pour des finalités précises, leur déclaration obligatoire auprès des pouvoirs publics permet d’en estimer l’importance. Elle est chaque année de l’ordre de 40 milliards de mètres cube d’eau douce prélevés.

Éviter d’aménager les milieux et les sols est le meilleur moyen de limiter les impacts de l’artificialisation. Lorsque les aménagements sont indispensables, ils doivent se faire avec les méthodes les moins impactantes possibles. Les sols artificialisés peuvent faire l’objet d’une désimperméabilisation pour améliorer l’infiltration de l’eau. La restauration des milieux est aussi possible.