Continuellement agités par les marées et les courants, les écosystèmes côtiers sont des milieux dynamiques, qui peuvent se transformer sur le long terme. Les habitats naturels qu’ils hébergent, dont certains sont l’œuvre d’organismes vivants, sont le siège d’une biodiversité unique.

Les usagers des milieux de transition (pêcheurs, conchyliculteurs, baigneurs, etc.) sont les premiers à pouvoir contribuer à leur bon état, mais tous les acteurs du bassin versant sont concernés et doivent s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation de ces milieux très difficiles à restaurer.

Un écosystème estuarien exempt de substances toxiques et accueillant une biodiversité riche et variée est considéré en bon état. L’évaluation de l’état chimique et l’état écologique des milieux de transition est réalisée grâce à la surveillance régulière de plusieurs centaines de paramètres.

De la lagune au delta, les milieux de transition se caractérisent par une grande variabilité des conditions de vie, notamment de la salinité. Loin d’être figés, ces milieux peuvent changer de forme sur le long terme sous l’influence des eaux provenant du continent et de la mer. Écosystèmes aux habitats naturels singuliers, ils abritent une biodiversité spécifique, dont certaines espèces atteignent des densités exceptionnelles.

Les eaux côtières correspondent à la partie littorale des mers et océans. Elles sont en position d’interface entre les eaux de transition - estuaires, deltas et lagunes - et les eaux marines du large. Elles sont une véritable richesse pour la France, dotée de 18 000 kilomètres de traits de côte entre les territoires métropolitains et ultramarins -selon les calculs du SHOM, estimation faite à l'échelle de 1/1 000 000.

Frontières entre terre et mer, les estuaires, lagunes et deltas voient s’imbriquer quotidiennement les eaux douces et les eaux marines. Les grands estuaires de France (Seine, Loire et Gironde) et le delta du Rhône ne sont que quelques exemples des milieux dits “de transition” qui occupent notre littoral.