L’évaluation de l’état des zones humides est rendue complexe par la diversité des milieux concernés, ainsi que l’absence d’inventaire exhaustif. Une évaluation de leur état de conservation est réalisée généralement tous les 10 ans, sur un échantillon seulement. Mais leur détérioration menace globalement les bénéfices qu’ils apportent.

Malgré des modalités de fonctionnement très différentes, les milieux humides ont le point commun d’agir comme des zones “tampon” dans le bassin versant. Leur diversité de taille, de forme et de fonctionnement en font des écosystèmes d’une grande richesse en habitats naturels, permettant d’accueillir une biodiversité abondante.

Les milieux humides sont d’une très grande diversité : il est difficile de les définir de manière uniforme. Liés aux autres milieux aquatiques au sein du cycle de l’eau, les milieux humides sont présents sur l’ensemble du territoire, en métropole et dans les territoires ultramarins, mais sont globalement en forte régression.

Les usagers des eaux côtières (pêcheurs, conchyliculteurs, plaisanciers, etc.) sont les premiers à pouvoir contribuer à leur bon état, mais les acteurs du continent doivent aussi s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques sur leur bassin versant. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation de ces milieux très difficiles à restaurer.

Une eau côtière exempte de substances toxiques et accueillant une biodiversité riche et variée est considérée en bon état. L’évaluation de l’état chimique et l’état écologique des eaux côtières est réalisée grâce à la surveillance régulière de plusieurs centaines de paramètres.

Continuellement agités par les marées et les courants, les écosystèmes côtiers sont des milieux dynamiques, qui peuvent se transformer sur le long terme. Les habitats naturels qu’ils hébergent, dont certains sont l’œuvre d’organismes vivants, sont le siège d’une biodiversité unique.

Les usagers des milieux de transition (pêcheurs, conchyliculteurs, baigneurs, etc.) sont les premiers à pouvoir contribuer à leur bon état, mais tous les acteurs du bassin versant sont concernés et doivent s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation de ces milieux très difficiles à restaurer.

Un écosystème estuarien exempt de substances toxiques et accueillant une biodiversité riche et variée est considéré en bon état. L’évaluation de l’état chimique et l’état écologique des milieux de transition est réalisée grâce à la surveillance régulière de plusieurs centaines de paramètres.

De la lagune au delta, les milieux de transition se caractérisent par une grande variabilité des conditions de vie, notamment de la salinité. Loin d’être figés, ces milieux peuvent changer de forme sur le long terme sous l’influence des eaux provenant du continent et de la mer. Écosystèmes aux habitats naturels singuliers, ils abritent une biodiversité spécifique, dont certaines espèces atteignent des densités exceptionnelles.

Les eaux côtières correspondent à la partie littorale des mers et océans. Elles sont en position d’interface entre les eaux de transition - estuaires, deltas et lagunes - et les eaux marines du large. Elles sont une véritable richesse pour la France, dotée de 18 000 kilomètres de traits de côte entre les territoires métropolitains et ultramarins -selon les calculs du SHOM, estimation faite à l'échelle de 1/1 000 000.