L’observation de la profondeur des nappes permet d'en estimer le niveau de remplissage. Cette surveillance, réalisée à l’aide de dispositifs spécifiques - les piézomètres - déployés par milliers sur le territoire, permet de mieux comprendre le fonctionnement des nappes et apporte les éléments de connaissance nécessaires à la gestion des risques d'inondation ou de sécheresse.

Les roches qui abritent de l’eau sont dites aquifères. L’eau y forme des nappes qui s’écoulent lentement, parcourant parfois de longues distances, sous la surface. Les nappes interagissent avec les milieux aquatiques, qu’elles alimentent en eau douce. Le processus inverse s’observe en hiver lors de la période de recharge.

Les eaux souterraines sont constituées des réserves d’eau stockées dans les roches poreuses et perméables du sous-sol. Loin d’être isolées du cycle de l’eau, elles communiquent avec les milieux aquatiques de surface. Présentes sur l’ensemble du territoire français elles sont néanmoins très hétérogènes, de par la nature des roches du sous-sol.

Le bon état des milieux humides est du ressort de tous les acteurs du bassin versant, qui doivent s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation des milieux, sous réserve qu’ils soient correctement identifiés. Malgré cela, le recours à des actions de restauration est parfois nécessaire.

L’évaluation de l’état des zones humides est rendue complexe par la diversité des milieux concernés, ainsi que l’absence d’inventaire exhaustif. Une évaluation de leur état de conservation est réalisée généralement tous les 10 ans, sur un échantillon seulement. Mais leur détérioration menace globalement les bénéfices qu’ils apportent.

Malgré des modalités de fonctionnement très différentes, les milieux humides ont le point commun d’agir comme des zones “tampon” dans le bassin versant. Leur diversité de taille, de forme et de fonctionnement en font des écosystèmes d’une grande richesse en habitats naturels, permettant d’accueillir une biodiversité abondante.

Les milieux humides sont d’une très grande diversité : il est difficile de les définir de manière uniforme. Liés aux autres milieux aquatiques au sein du cycle de l’eau, les milieux humides sont présents sur l’ensemble du territoire, en métropole et dans les territoires ultramarins, mais sont globalement en forte régression.

Les usagers des eaux côtières (pêcheurs, conchyliculteurs, plaisanciers, etc.) sont les premiers à pouvoir contribuer à leur bon état, mais les acteurs du continent doivent aussi s’impliquer dans une gestion globale de l’eau et des milieux aquatiques sur leur bassin versant. Complétée par une réglementation spécifique, cette gestion globale permet la préservation de ces milieux très difficiles à restaurer.

Une eau côtière exempte de substances toxiques et accueillant une biodiversité riche et variée est considérée en bon état. L’évaluation de l’état chimique et l’état écologique des eaux côtières est réalisée grâce à la surveillance régulière de plusieurs centaines de paramètres.

Continuellement agités par les marées et les courants, les écosystèmes côtiers sont des milieux dynamiques, qui peuvent se transformer sur le long terme. Les habitats naturels qu’ils hébergent, dont certains sont l’œuvre d’organismes vivants, sont le siège d’une biodiversité unique.