Contrairement au transport maritime, le transport fluvial peut nécessiter des prélèvements d’eau pour alimenter les canaux artificiels. L’eau ainsi prélevée dans des rivières est restituée intégralement au milieu naturel. Les seuls rejets impliqués par le transport fluvial et maritime sont les eaux usées des équipages, mais des rejets accidentels peuvent survenir. Par ailleurs, les activités de transport s’accompagnent d’une modification parfois forte des milieux.

Le transport de marchandises et de personnes par bateau est une activité historique qui s’est fortement développée au siècle dernier. Le transport fluvial se fait sur les voies navigables, constituées de canaux et de rivières canalisées. Intervenant en pleine mer, le transport maritime reste connecté aux eaux côtières par les ports implantés sur le littoral.

Les activités de pêche et d’aquaculture peuvent impacter les populations d’espèces ou la qualité des milieux. L’application de bonnes pratiques par les pêcheurs et les aquaculteurs participe à la prévention de ces impacts potentiels, qui justifient par ailleurs l’existence d’une réglementation spécifique à la pêche et à l’aquaculture.

Les prélèvements d’eau pour la pêche professionnelle et l’aquaculture sont très restreints. En revanche, ces activités impliquent des captures d’espèces en grande quantité. Les rejets d’eau effectués dans la nature ne concernent a priori que les élevages en bassin, mais ils peuvent être concentrés en aliments et médicaments destinés aux poissons. Ces activités peuvent aussi être à la source de déchets aquatiques et marins.

La pêche professionnelle et l’aquaculture sont des activités historiques qui se sont fortement développées au XXe siècle. De nombreux types de pêches se pratiquent dans les eaux douces et en mer. Les activités aquacoles - essentiellement la pisciculture et la conchyliculture - s’effectuent sur le littoral mais aussi en bassins d’eau douce et en étangs.

Les activités agricoles peuvent impacter le niveau des ressources en eau ou la qualité des milieux recevant les rejets d’eaux épurées. L’application de bonnes pratiques agricoles participe à la prévention de ces impacts potentiels, qui justifient par ailleurs l’existence d’une réglementation spécifique aux usages agricoles.

Puisée dans les eaux de surface ou les eaux souterraines, les volumes d’eau utilisés en agriculture le sont majoritairement pour l’irrigation. Les eaux usées issues des exploitations ne peuvent pas être rejetées telles quelles après utilisation : elles doivent être traitées pour protéger les milieux aquatiques. Les activités agricoles conduisent par ailleurs à l’aménagement de certains milieux aquatiques et modifient le cycle naturel de l’eau.

Indispensable à la vie des animaux et des végétaux, l’eau douce est un élément central pour l’agriculture. Elle est principalement utilisée pour l’alimentation du bétail et l’irrigation, mais d’autres usages agricoles la mobilisent également. Par ailleurs, au delà de la ressource en eau elle-même, les milieux aquatiques sont aussi directement utilisés pour l’agriculture.

Le refroidissement des centrales peut impacter le niveau des ressources en eau ou la qualité des milieux recevant les rejets d’eaux après utilisation. De même, l’implantation de barrages hydroélectriques peut entraîner une dégradation de la qualité de l’eau et de la morphologie des milieux. Ces impacts potentiels justifient l’existence d’une réglementation spécifique.

L’eau utilisée pour produire de l’électricité provient essentiellement des rivières et des fleuves, même si des prélèvements sont effectués sur le littoral ou en mer. Une grande partie de l’eau prélevée est restituée au milieu à proximité directe du point de prélèvement.