La réduction de la pollution des eaux passe essentiellement par l’application de bonnes pratiques par les usagers de l’eau et des milieux aquatiques sur tout le bassin versant. Les objectifs sont multiples : privilégier les activités les moins polluantes, améliorer les usages pour diminuer la quantité de substances utilisées ou rejetées, mais aussi intercepter les flux de polluants dans le bassin versant.

Les conséquences de la pollution des milieux aquatiques sont multiples. Elles conduisent à des mortalités massives d’espèces , mais elles ont aussi des effets moins visibles : une eutrophisation des milieux, des effets toxiques à plus ou moins long terme, des maladies ou des perturbations endocriniennes.

La pollution des milieux est provoquée par une grande variété de substances, rejetées directement dans l’eau ou dans tout le bassin versant. Il peut s'agir d'éléments nutritifs, de matières organiques, de micropolluants, de métaux, de micro-organismes, de déchets ou encore de rejets physico-chimiques.

Les activités humaines peuvent conduire à l’introduction de nombreuses substances polluantes dans l’eau et les milieux aquatiques, soit par rejet direct dans l’eau dans le cas des pollutions ponctuelles, soit par une pollution diffuse de tout le bassin versant. En conséquence, la qualité de l’eau et des milieux aquatiques se dégrade.

Les économies d’eau permettent à chacun de contribuer à réduire l’impact des prélèvements d’eau sur la ressource. Une réglementation spécifique comprenant un système de déclaration et de demande d’autorisation, permet de les encadrer. Elle fournit aussi des outils pour mettre en œuvre une gestion quantitative équilibrée, et prévoit un dispositif spécifique en cas de crise.

Les prélèvements d’eau sont susceptibles d’accentuer le manque d’eau, notamment pendant les périodes où l’eau est naturellement plus rare, en abaissant encore le niveau des rivières ou des nappes. Les forages dans les eaux souterraines peuvent aussi provoquer une dégradation de leur qualité, par intrusion saline ou par contamination chimique.

Différents usages impliquent des prélèvements d’eau dans les milieux. Au delà d’un certain volume, et pour des finalités précises, leur déclaration obligatoire auprès des pouvoirs publics permet d’en estimer l’importance. Elle est chaque année de l’ordre de 40 milliards de mètres cube d’eau douce prélevés.

Éviter d’aménager les milieux et les sols est le meilleur moyen de limiter les impacts de l’artificialisation. Lorsque les aménagements sont indispensables, ils doivent se faire avec les méthodes les moins impactantes possibles. Les sols artificialisés peuvent faire l’objet d’une désimperméabilisation pour améliorer l’infiltration de l’eau. La restauration des milieux est aussi possible.

L’artificialisation des milieux et des sols conduit à une altération de leur fonctionnement naturel, et à une modification du parcours de l’eau dans le bassin versant. Ces modifications ne sont pas sans impact sur la biodiversité et les usages de l’eau, notamment en raison d’une accentuation des risques d’inondation, de sécheresse et d’érosion. La qualité de l’eau est aussi affectée.

Pour permettre ou faciliter certains usages, des aménagements des milieux aquatiques sont réalisés. Ils impliquent notamment la modification des caractéristiques morphologiques et hydrologiques des milieux, provoquant alors une artificialisation plus ou moins forte. Dans le bassin versant, ce phénomène est aussi à l’œuvre à l’échelle des sols.