Les épisodes de sécheresse ont de multiples impacts sur les milieux aquatiques, consécutifs à la baisse des niveaux d’eau. La biodiversité est directement touchée, et souffre aussi de la détérioration de la qualité de l’eau suite à l’échauffement et à la moindre dilution des pollutions. Les usages qui dépendent d’un niveau d’eau suffisant peuvent être fortement impactés.

La sécheresse est un phénomène naturel qui survient à la suite d’une période prolongée sans précipitations, généralement en période estivale. Les milieux aquatiques comme les sols peuvent être affectés par ce manque d’eau temporaire, dont l’intensité est susceptible d’être accentué par les activités humaines.

La lutte contre l’érosion et ses conséquences passe par la protection des sols dans tout le bassin versant, en agissant notamment sur le ruissellement. Les aménagements susceptibles d’accentuer le phénomène doivent être limités au minimum, ce qui justifie une réglementation à leur égard. Les mouvements de terrain et l’érosion côtière font en outre l’objet de préventions spécifiques pour réduire les risques qu’ils représentent.

Le phénomène d’érosion modifie la forme et l’hydrologie des milieux, et provoque parfois des mouvements de terrain. Les conséquences peuvent être lourdes pour la biodiversité comme pour la sécurité de tous à proximité directe des milieux. L’érosion entraîne également une dégradation de la qualité de l’eau, provoquée par les matières en suspension.

Les milieux aquatiques et les sols subissent une érosion naturelle qui emporte les sols et les roches qui les composent sous l’effet du vent, de l’écoulement de l’eau et de la gravité. Part du fonctionnement naturel des milieux, l’érosion façonne et fait évoluer les paysages. Ce phénomène est susceptible d’être accentué fortement par les activités humaines et les aménagements, et peut se manifester de manière violente.

Les espèces introduites en dehors de leur aire de répartition deviennent parfois envahissantes. Elles peuvent alors avoir des conséquences sur la biodiversité aquatique et le fonctionnement des milieux, et nuire à la santé, à la sécurité ou aux différents usages. Difficiles à éradiquer lorsqu’elles sont implantées, leur lutte passe surtout par la prévention de leur introduction et la mise en place de systèmes de détection précoce.

Professionnelles comme de loisirs, les activités de pêche et de chasse impliquent des prélèvements d’espèces dans le milieu naturel, auxquels s’ajoutent des captures involontaires et accidentelles. Ces prélèvements peuvent conduire à une surexploitation des espèces, comme dans le cas de la surpêche, et même aller jusqu’à entraîner la disparition de certaines d’entre elles.

La réduction de la pollution des eaux passe essentiellement par l’application de bonnes pratiques par les usagers de l’eau et des milieux aquatiques sur tout le bassin versant. Les objectifs sont multiples : privilégier les activités les moins polluantes, améliorer les usages pour diminuer la quantité de substances utilisées ou rejetées, mais aussi intercepter les flux de polluants dans le bassin versant.

Les conséquences de la pollution des milieux aquatiques sont multiples. Elles conduisent à des mortalités massives d’espèces , mais elles ont aussi des effets moins visibles : une eutrophisation des milieux, des effets toxiques à plus ou moins long terme, des maladies ou des perturbations endocriniennes.

La pollution des milieux est provoquée par une grande variété de substances, rejetées directement dans l’eau ou dans tout le bassin versant. Il peut s'agir d'éléments nutritifs, de matières organiques, de micropolluants, de métaux, de micro-organismes, de déchets ou encore de rejets physico-chimiques.